Las patentes de software inhiben la innovación, porque reducen el incentivo para la innovación: un mercado competitivo de fácil acceso.La "mafia de las patentes" muchas veces hace como si las patentes fueran la razón por la cual las empresas logran innovaciones. Desafortunadamente todavía hay políticos que no han entendido que se trata de un error. La razón principal por la cual las empresas logran innovaciones, no es recibir algún documento jurídico, sino ser más exitosas en un mercado más competitivo.
Si las patentes de software llegan a legalizarse, el mercado se volverá menos competitivo. Los actuales líderes del mercado recibirían un arma legal contra el software libre, que les permitiría definir según su voluntad, cuales características técnicas reservarían para sí mismos. Emplearían arsenales de patentes para frenar el desarrollo de las empresas medianas y pequeñas. En conclusión, un cartel de grandes corporaciones cerraría contratos Cross-Licensing y repartiría el mercado de software entre ellas.
La innovación no es el deber de juristas y burócratas. La "mafia de las patentes" absorbe recursos financieros y tiempo de trabajo que se deberían emplear para el desarrollo de productos. Cada euro que se gasta en pleitos, es un euro que no se invierte en el desarrollo. Cada hora que un programador gasta en la introducción al tema de un abogado de patentes, es una hora que no utiliza para programar. Los costos adicionales de un sistema de patentes muy costoso no son justificables, ya que se ha demostrado que los derechos de autor fomentan la innovación y realmente protegen los derechos de los diseñadores de software.