Las patentes de software le darían la posibilidad a grandes compañías de monopolizar ciertos segmentos del mercado de software. Ya no tienen que competir con las EMP y el software libre por la seguridad, la estabilidad y la ejecución.
Es incorrecto darle prioridad a conceptos abstractos de software por encima de su verdadera ejecución. Un software estupendo requiere un diseño excelente y una implantación de alta calidad. La mejor idea conceptual es inútil, si no es ejecutada a conciencia. A ninguno de nosotros le gustaría vivir en una en casa que tuviera una arquitectura revolucionaria, si a cambio la puerta de entrada no es segura, el techo tiene goteras y constantemente se va la luz.

De todas formas, las patentes de software generalmente no son conocidas por tener magníficas ideas, pero asumamos por un momento, que así es. Aún así, no sería deseable monopolizar estas ideas, ya que el primero en patentar una idea, puede eliminar a la competencia. El propietario de la patente puede ejecutar la idea de manera defectuosa y sin embargo ser el único que ofrezca la implantación de la idea. Esta única implantación puede ser lenta, inestable e insegura, pero a pesar de esto durante máximo 20 años no existiría otra alternativa directa, a no ser que el propietario de la patente lo permita.

"La protección complementaria del software por medio de los derechos de autor y el derecho de patente, en conjunto con los métodos de desarollo de la mayoría de las compañías de software y la ineficacia de las regulaciones de responsabilidad, fomenta el desarrollo y la distribución masiva de software inseguro."
Robert A. Gehring, Universidad Técnica de Berlín
Es discutible si el software libre es fundamentalmente más seguro y estable que otros software. Sin embargo, es un hecho, que consideraciones acerca de la seguridad y la estabilidad, sean una razón por la cual el software libre es escogido para ciertas aplicaciones. Esto creo una presión de competencia enorme para Microsoft y otros proveedores. Si alguna vez queremos que los anuncios mensuales sobre los más recientes huecos de seguridad en Windows, Internet Explorer y Outlook se detengan, tenemos que preocuparnos porque en el mercado haya competencia.

Las patentes de software convierten la publicación de su código de fuente en un riesgo. Así un código de fuente sea puesto a disposición bajo una licencia de software libre, como el GPL, o cualquier otra licencia, seguramente contribuye a la seguridad del proceso eletrónico de datos, el hecho de que el código de fuente de un software pueda ser inspeccionado. Esto le da la posibilidad a cualquiera que tenga los conociemientos necesarios y gran interés, de buscar huecos de seguridad. Sin embargo, con estas bases es mucho más fácil para los extorsionistas de patentes y competidores maliciosos, buscar infracciones en las patentes y comprobarlas. Si una patente está relacionada con algo visible, como por ejemplo una barra de progreso o una canasta de mercado, la "infracción" es fácil de reconocer externamente. Con patentes que están relacionadas con funciones internas, por ejemplo la administración de memoria, es mucho más !difícil y prácticamente imposible, demostrar infracciones en una patente sin el código de fuente.

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