Las patentes de software les concederían a los enemigos de Linux y el software libre ("Open Source") medios de poder que impiden la competencia y dejarían en manos de algunas empresas estadounidenses de software la infraestructura europea, haciéndola así dependiente de los productos de estas empresas.
Las patentes de software no afectan exclusivamente a Linux y otros software libres, pero representan una amenaza muy grande especialmente para ellos. El software libre es sumamente exitoso en campos en los que la oficina de patentes ya ha concedido numerosas patentes (por ejemplo sistemas operativos, tecnologías para servidores y redes, bases de datos y lenguajes de programación). En estos sectores manejan el mercado las grandes corporaciones que no pertenecen a la Unión Europea. Éstas poseen un gran número de patentes y pueden utilizarlas en contra de el software libre para defender sus monopolios y sus oligopolios. ("Oligopolio" significa que el mercado le pertenece a algunos pocos.)

La administración municipal de Munich fue malentendida en gran parte cuando congeló provisionalmente el proyecto de migración Linux. Sus reparos con respecto a Linux y patentes de software no se referían en primer lugar a las patentes europeas existentes. Éstas sólo indican que la concesión de patentes es un peligro para Linux, hasta que los políticos prohiban de manera eficaz las patentes de software. La preocupación real del jefe del proceso electrónico de datos de Munich era a mediano y largo plazo. Él teme que ciertas empresas abusen de las patentes para inhibir la fuerza de innovación y la capacidad competitiva de los diseñadores de software libre.

"Las patentes de software crean empleos - aunque en Redmond y no en Munich."
Der Spiegel (Revista semanal alemana)
Salta a la vista, que Microsoft menciona frecuentemente las patentes cuando se trata de la competencia del software libre. Sólo para el año 2004 Microsoft pronosticó la solicitud de unas 3000 patentes en todo el mundo, de las cuales muchas en Europa. En julio de 2004 NewsForge.com publicó un memorándum de un ejcutivo de alto cargo en Hewlett-Packard, uno de los fabricantes de computadores más grandes a nivel mundial. El e-mail en cuestión pronosticaba, que Microsoft "utilizaría el sistema jurídico para quebrar los software libres", pero que esperaría primero el resultado del proceso de legislatura de la Unión Europea con respecto a las patentes de software. Estas conjeturas estaban basadas en negociaciones Cross-Licensing, que el ejecutivo de Hewlett-Packard había tenido con Microsoft, y ciertas cláusulas en el contrato en cuestión.

El software libre representa una posibilidad histórica, que la Unión Europea debería aprovechar, en lugar de sacrificarla por los intereses de la "mafia de las patentes" y los lobbies de las grandes empresas. Durante mucho tiempo la infraestructura europea del procesamiento electrónico de datos dependió en gran parte de productos de software que venían de países no pertenecientes a la Unión Europea. Ahora que Linux y otros software libres han demostrado que tienen las capacidades necesarias para cumplir inclusive con las exigencias de empresas y gobiernos, Europa puede elegir. Compañías estadounidenses juegan un papel importante en los software libres, pero Europa es relativamente potente en este campo y los usuarios del software libre de todos modos son menos dependientes de un sólo proveedor.

Contrario a lo que afirman la "mafia de las patentes" y sus amigos políticos, los proyectos de software libre ya han experimentado los primeros ataques de patentes. Amenazas jurídicas ya han obligado a los diseñadores de software libre a abstenerse de ofrecer cierta funcionalidad. En el Wall Street Journal Microsoft confirmó que se habían contactado a aproximadamente 100 compañías de software, con respecto a una iniciativa de "comercialización de licencias de patentes" y que entre éstas también se encontraban compañías de software libre.

"La expansión del derecho de patentes al campo de software constituye una amenaza fundamental para el modelo de desarrollo del software libre."
Instituto de Kiel para la economía mundial
El éxito del software libre es la razón principal por la cual las patentes significan una amenaza para éste. El hecho de que el software libre sea gratuito (bajo ciertas condiciones), lo convierte en una competencia peligrosa para las compañías de software tradicionales. El software libre conquista un segmento del mercado y baja el nivel de precios. Por ejemplo, el éxito de Open Office obligó a la empresa Microsoft a ofrecer su propio producto Office en Tailandia por mas o menos 30 euros. Por este precio es casi imposible adquerir un libro sobre Office en Europa. Sería ingenuo pensar que Microsoft y otras grandes compañías no recurrirían a disputas de patentes, en caso de que el software libre siga teniendo efectos dramáticos sobre sus negocios.

En cierto modo la decisión de la Unión Europea con respecto a legalizar o no las patentes de software, es también una decisión de Microsoft y Linux. Las patentes de software inhiben la competencia y por esto su ratificación convertiría en un absurdo los procesos legales en contra de Microsoft con base en la legislación sobre cárteles. Microsoft es una empresa muy potente con muchos empleados talentosos. Es muy saludable para Microsoft experimentar una competencia por parte del software libre, ya que esta es la mejor forma de asegurar que Microsoft siempre ofrezca software de alta calidad a precios razonables. Por su efecto en la competencia, Linux incluso favorece a los usuarios de Windows. La Unión Europea no debería liberar a Microsoft de esta competencia por medio de una mala legislación.

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