Las empresas medianas y pequeñas serían las más afectadas por la legalización de las patentes de software. Éstas soportarían el fuerte impacto de los aspectos negativos, sin tener una oportunidad justa de obtener beneficios significativos.
La industria europea de software está compuesta principalmente por empresas medianas y pequeñas (EMP). Pero es sabido, que el sistema de patentes discrimina a las EMP en todos los campos. Los problemas son más graves cuando se trata de software. Por eso, al perjudicar a las EMP y fortalecer a los gigantes del software por fuera de la Unión Europea, Europa se está haciendo daño a si misma.

Algunas de las grandes corporaciones quieren tener la posibilidad de limitar o incluso quebrar a los pequeños competidores. En el campo del software hasta la empresa más pequeña potencialmente puede convertir una gran idea en un producto exitoso, ya que los requerimientos económicos son relativamente bajos. Las patentes de software obligarían a las pequeñas empresas a adquirir costosas patentes y por lo tanto se incrementarían los requerimientos económicos para el desarrollo de software. El problema más grave es que estas empresas no pueden utilizar las patentes de manera eficaz en contra de las grandes corporaciones, ya que siempre tienen que temer que un competidor más grande las perjudique por medio del sistema de patentes.

"Las empresas medianas y pequeñas son proveedoras indispensables de innovaciones wegweisenden, pero serían las afectadas más negativamente por la patentabilidad. La mayoría de ellas es disuadida por los costos elevados de las patentes, pero también tendría que navegar alrededor de los portafolios de patentes de grandes corporaciones."
Deutsche Bank Research
Las empresas medianas y pequeñas no tienen acceso a negocios Cross-licensing. Únicamente las grandes corporaciones que poseen miles de patentes, están en la posición para hacer acuerdos Cross-licensing con corporaciones semejantes a ellas. El principal riesgo es que los segmentos más grandes del mercado de software caerían en manos de un cartel de superpotencias de software. Algunas de las grandes corporaciones aspiran a establecer un arsenal de patentes como requisito para competir de manera segura en el mercado. Las EMP nunca tendrán la posibilidad de adquirir ese gran número de patentes. La "masa crítica" de un portafolio de patentes asciende a miles de patentes. Se necesitan tantas, que ya nadie quiere mirarlas.

Las EMP pierden una gran cantidad de su valor comercial (shareholder value) en manos de la "mafia de las patentes". Incluso las grandes corporaciones tienen sus problemas con usurpadores inproductivos de patentes, pero los solucionan por medio de pagos globales. Muchas veces las EMP son forzadas a hacer convenios, por los que están obligadas a cederle cierto porcentaje de sus ingresos y/o sus ganacias a un beneficiario de patentes. Si una empresa cuya rentabilidad de ganancias es del 20%, se ve obligada a pagarle el 2% a los extorsionistas, esto significa que se pierde la decima parte de sus ganancias.

"Reback cuenta frecuentemente la historia de como un equipo de agentes de patentes de IBM fue a Sun Microsystems Inc. en los años 80, afirmando que el Start-up de aquel entonces infringía siete de sus patentes. Después de que los ingenieros de Sun explicaron porqué no infringían ninguna patente, los agentes de IBM dijeron que entre 10.000 patentes seguramente encontrarían alguna infracción."
The Washington Post
Una nueva tendencia de grandes corporaciones como IBM y Microsoft es exigir "impuestos de patentes" de las EMP. IBM se siente orgulloso de recaudar una suma de miles de millones de dólares procedente de la "concesión de licencias" para el uso de patentes. Estos negocios funcionan de la siguiente manera: En el momento IBM posee mas o menos 40.000 patentes. Nadie (y en especial ninguna de las EMP) tiene la posibilidad de revisarlas y constatar que no exista ningún conflicto entre alguno de los propios productos y las patentes de IBM. Por esto IBM se acerca a las empresas y les propone acuerdos costosos de concesión de licencias sobre el portafolio completo de sus patentes. Por medio de estos negocios IBM no sólo exprime el dinero de las empresas más pequeñas, sino que además adquiere acceso a informaciones delicadas sobre el negocio de la otra empresa. Al comienzo del año 2004 aparecieron en la prensa los primeros reportes sobre el hecho de que Microsoft ahora hace lo mismo. Microsoft ya ha contactado a mas o menos 100 empresas (de las cuales algunas europeas) y ha afirmado que entre ellas también se encuentran algunas empresas de software libre.

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