La UE tiene tres procedimientos diferentes para aprobar una ley. Él que se aplica a la directiva sobre patentes de software es el procedimiento de decisión conjunta, por el cual el Parlamento Europeo y el Consejo de la UE tienen que llegar a un acuerdo.
Existen tres instituciones clave que juegan un papel importante en el procedimiento de decisión conjunta: la Comisión de la UE, el Consejo de la UE y el Parlamento Europeo. No es necesario estar al tanto de todos los detalles, pero es importante entender qué hacen esas instituciones y qué funciones tienen.

La Comisión de la UE es, en términos sencillos, el iniciador y el gerente del proyecto. Una propuesta legislativa inicialmente es redactada y presentada por parte de la Comisión de la UE. Contrario a lo que pasa en la mayoría de los países, no es el parlamento que toma el paso inicial. La Comisión de la UE tiene su sede en Bruselas, y es operada por funcionarios de la UE. El presidente de la Comisión de la UE y los comisionarios están nombrados por el Consejo de la UE con el voto a favor del Parlamento de la UE.

El Parlamento de la UE goza de derechos limitados en comparación con los parlamentos nacionales, pero bajo el procedimiento de decisión conjunta tiene más poderes que bajo otros procedimientos. Los miembros del Parlamento Europeo (los "MEP") los eligen directamente los ciudadanos de los países miembros. Las elecciones europeas más recientes se realizaron en el mes de junio de 2004. La cantidad de MEP por país depende del tamaño del país, pero no es proporcional. En Alemania, por ejemplo, que es el país más grande, 99 MEP son elegidos, pero en Luxemburgo el total es seis. Entonces, hay un MEP por cada 800,000 alemanes contra seis MEP para un total de aproximadamente 400,000 habitantes de Luxemburgo.

El Consejo de la UE es la representación de los países miembros. Si se compara con una empresa, el Consejo de la UE es como la Asamblea de Accionistas, cuando los dueños de la empresa se reúnen para tomar decisiones. Los países miembros están representados por sus gobiernos nacionales. El Consejo de la UE generalmente goza de más poder que el Parlamento de la UE. Se presentan problemas a causa de esto, también en el proceso de la directiva sobre patentes de software, pero de otra forma los países miembros tendrían que renunciar a más de su soberanía. Si la UE fuera a convertirse en una democracia parlamentaria con todas las de la ley, tendríamos unos "Estados Unidos de Europa", mientras que hoy en día, la UE se encuentra más o meno en la mitad entre una zona de libre comercio y un estado único.

A menos que haya un consenso amplio con respecto a una propuesta legislativa, mucho tiempo pasa, bajo el procedimiento de decisión conjunta, en idas y venidas entre el Parlamento Europeo y el Consejo de la UE. La propuesta se debate hasta tres veces en cada institución. Si el primer debate en cualquiera de las instituciones no resulta en un consenso, hay un segundo debate en el Parlamento Europeo. Si este segundo debate en el Parlamento Europeo arroja una posición diferente a la decisión tomada por el Consejo de la UE en el primer debate, se realiza un segundo debate en el Consejo de la UE. Si todavía no hay consenso, se realiza un procedimiento de reconciliación. Si la reconciliación produce un resultado (algo que no es seguro, y puede demorarse mucho tiempo), se realiza un tercer debate tanto en el Consejo de la UE como en el Parlamento Europeo, para aprobar el resultado de la conciliación.

Parece a primera vista que el Parlamento Europeo y el Consejo de la UE son iguales en esto, pero las cosas no son exactamente así. La desventaja para el Parlamento Europeo es el segundo debate. En este segundo debate, al Parlamento Europeo no le está permitido proponer ninguna modificación nueva. Y para confirmar cualquiera modificación o para rechazar la propuesta legislativa entera, se necesita una mayoría absoluta de todos los miembros del parlamento, en cada caso. En otras palabras, todas las ausencias y abstenciones apoyan técnicamente la propuesta legislativa del Consejo de la UE. Entonces se necesita una mayoría muy grande en el Parlamento Europeo para que algo se logre en un segundo debate.

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