Here is a list of all documented functions with links to the class documentation for each member:

- a -

• Alignment() : cmaple::Alignment
• applySPR() : cmaple::Tree
• autoProceedMAPLE() : cmaple::Tree

- b -

• build() : cmaple::ParamsBuilder

- c -

• changeAln() : cmaple::Tree
• changeModel() : cmaple::Tree
• computeBranchSupport() : cmaple::Tree
• computeLh() : cmaple::Tree

- d -

• doPlacement() : cmaple::Tree

- e -

• exportNewick() : cmaple::Tree

- f -

• fixParameters() : cmaple::Model

- g -

• getParams() : cmaple::Model

- l -

• load() : cmaple::Tree

- m -

• Model() : cmaple::Model

- o -

• optimizeBranch() : cmaple::Tree

- p -

• ParamsBuilder() : cmaple::ParamsBuilder

- r -

• read() : cmaple::Alignment

- t -

• Tree() : cmaple::Tree

- w -

• withFixedMinBlength() : cmaple::ParamsBuilder
• withMaxBlengthFactor() : cmaple::ParamsBuilder
• withMinBlengthFactor() : cmaple::ParamsBuilder
• withMutationUpdatePeriod() : cmaple::ParamsBuilder
• withNumTreeTraversal() : cmaple::ParamsBuilder
• withRandomSeed() : cmaple::ParamsBuilder
• withSPRThresh() : cmaple::ParamsBuilder
• withStopTreeSearchThresh() : cmaple::ParamsBuilder
• withThreshProb() : cmaple::ParamsBuilder
• write() : cmaple::Alignment

- ~ -

• ~Alignment() : cmaple::Alignment
• ~Model() : cmaple::Model
• ~Tree() : cmaple::Tree